自二戰以來，柬埔寨可以說是東南亞各國中政權更迭最多次，也更換過最多次國旗的國家。但是不論國旗如何地更換，象征著古代高棉王朝的吳哥窟（Angkor Wat）一直是柬埔寨國旗最主要的標志。
現行的柬埔寨國旗自1948年開始使用，一直到1970年西哈努克（Norodom Sihanouk）被當時的首相朗諾（Lon Nol）推翻后，有長達23年的時間未被采用。一直到1993年6月由于親王室的政黨贏得全國大選，并在年底制訂新憲法恢復君主制，才再度使用現行的國旗。
國旗中的兩條藍色是代表王室，同時也代表著自由、合作與同胞情；中間紅底代表的是人民，利用類似鮮血的顏色來象征人民的勇敢；中間的白色吳哥窟除了是文化象征之外，白色也代表小乘佛教以及團結、正義與文化傳承。此藍、紅、白的三配色與意涵自1860年代起就已經使用，也讓之后不論國旗怎么換，都不出這三種基本配色。
由于西哈努克政府允許越共在北邊的柬越邊境活動，因此時任首相的朗諾推翻了君主政體，建立了親美國的「高棉共和國」（Khmer Republic）。不過由于高棉共和國與鄰近的越南關系惡劣，因此趁著1975年爆發柬越戰爭之際，波爾布特（Pol Pot）所率領的赤柬（Khmer Rouge）進入柬埔寨，并于1976年1月成立「民主柬埔寨」（Democratic Kampuchea），展開為期三年多的恐怖統治。
民主柬埔寨的國旗。底色改成共產主義的紅色底，并將吳哥窟圖形簡化以黃色放在中央。
1979年，在蘇聯與越南的扶持下，韓桑林（Heng Samrin）所率領的柬埔寨人民革命黨攻入金邊，成立「柬埔寨人民共和國」（People’s Republic ofKampuchea）。但由于該政府在國際上被認為是傀儡政權，因此國際上所承認的柬埔寨政府仍是赤柬的民主柬埔寨。隨著東歐共產世界的式微，柬埔寨人民共和國為了爭取國際承認，1989年更改國名為柬埔寨國（State of Cambodia），同時也修改國旗，意圖沖淡其共產主義色彩，但效果不彰。
柬埔寨人民共和國于1979─1989間所使用的國旗，不為國際上所承認。保留了前一代國旗的基本設計，但是將吳哥窟由三塔改為五塔，同時尖塔造型則較為有棱有角。
隨著越軍撤出柬埔寨以及柬國政府希望尋求國際支持，聯合國依據安理會745號決議成立了為期一年的「聯合國柬埔寨臨時權力機構」（United Nations Transitional Authority in Cambodia），協助柬埔寨重建、審判赤柬要員，以及監督辦理1993年的國會大選。同時制訂了以聯合國淺藍色為底的聯柬時期國旗：圖正中央為柬埔寨國土，上面以高棉語寫著「柬埔寨」之國名。
1993年5月，支持王室的拉那烈（Norodom Ranariddh）與左派的洪森（Hun Sen）組成聯合政府，并于年底制憲恢復君主制，迎回西哈努克國王擔任國家元首，并將國旗改回自1970年起停止使用的現行國旗。
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